В общем пока аппликация была внутри VF, все чудно устанавливалось. Причем устанавливалось именно из LWC. Как только выташил из VF, установить favico не получается. Это не смотря на то, что в разметке я вижу что нужный мне тег добавился, но добавился в конец HEAD. использовал head.insertBefore(link, head.childNodes[0])
После получения winter'20 проблема исчезла.
